Question

这是我第一次在biopython中使用blast，而且我遇到了问题。

我使用fasta文件创建了一个自定义blast数据库，其中包含20个序列：

os.system（'makeblastdb -in newtest.fasta -dbtype nucl -out newtest.db'）

这确实在我当前工作的当前目录中生成了几个文件（newtest.db.nhr，newtest.db.nin，newtest.db.nsq）:( /home/User/Documents/python/fasta-files）

现在我正在尝试使用以下方法在biopython中查询此数据库：

blastx_cline = NcbiblastxCommandline(query="queryfile.fas", db="newtest.db", evalue=0.00000001, outfmt=5, out="opuntia.xml")

但是我收到了这个错误：

> Bio.Application.ApplicationError: Command 'blastx -out opuntia.xml
> -outfmt 5 -query queryfile.fas -db newtest.db -evalue 1e-08' returned non-zero exit status 2, 'BLAST Database error: No alias or
> index file found for protein database [newtest.db] in search path
> [/home/User/Documents/python/fasta-files:/usr/share/ncbi/blastdb:]'

所以我尝试将/home/User/Documents/python/fasta-files生成的文件复制到/usr/share/ncbi/blastdb，但它说我没有权限。

的的 *编辑*

当我使用时：os.system("blastn -db newtest.db -query "fastafile.fas" + " -out test.txt") 它通常会生成一个输出文件。但不是相反 **

所以我被困在这里，我不知道如何解决这个问题。

任何帮助将不胜感激

Answer 1

当newtest.db是nucl数据库时，请注意错误消息中的短语蛋白质数据库。

在搜索路径中找到蛋白质数据库 [newtest.db]的索引文件

因此，blastx期待一个蛋白质数据库。那不是很明显吗？： - ）

如果您没有按目的进行，则应通过添加“cmd ='blastn'”指定要使用的BLAST程序。所以，这更好：

blastx_cline = NcbiblastxCommandline(cmd='blastn', query="queryfile.fas", db="newtest.db", evalue=0.00000001, outfmt=5, out="opuntia.xml")

使用NcbiblastxCommandline自定义blast db

1 个答案: