检查文件夹中是否有多个文件爆炸

时间:2015-07-21 14:25:26

标签: blast

我做过多次小爆炸。现在我想自动检查所有文件是否正确完成并正确结束。

例如,如果我检查特定文件的结尾,我会看到:

n85567:Mel_Sanger mitras$ tail /Volumes/ForBlastLactose/output/S5_1FIL_ab.out 

 Database: SILVA_119_SSURef_tax_silva
    Posted date:  Jan 6, 2015  11:55 AM
  Number of letters in database: 2,241,843,227
  Number of sequences in database:  1,583,830

Matrix: blastn matrix 1 -2
Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5

因此,如果正确完成,文件将具有结束行Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5

所以现在我的问题是如何让脚本检查文件夹中的所有文件以查找此特定结尾,如果结尾不匹配则报告文件名。

我正在尝试类似的事情:

 if [[for f in *.out; tail -1 ${f} == "Gap Penalties: Existence: 0, Extension: 2.5"; then echo "All files are fine"; else echo "Error file:"$f; fi  

但作为脚本新手,我显然也没有做对。

任何人都可以帮我做。 非常感谢, 米特拉

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

您通常不应期望访问stackoverflow.com并期望人们为您编写代码。我相信你可以从这里拿走它。

 yum install java-devel