我正在尝试在我的机器（Mac）上运行独立的ncbi-blast-2.2.29 +，但在使用我的数据库运行blastx（或blastn）时会收到此错误消息：
No alias or index file found for nucleotide database [db/viral.1.1.genomic] in search path [~/Users/KK/ncbi-blast-2.3.0+/Virus::]
我运行它的方式：
blastn -query input.fasta -out out.blast.txt -db db/viral.1.1.genomic
我的工作目录是〜/ Users / KK / ncbi-blast-2.3.0 + / Virus并且有一个子目录db（〜/ Users / KK / ncbi-blast-2.3.0 + / Virus / db并且db具有病毒1.1.genomic.phr，病毒1.1.genomic.pin，病毒1.1.genomic.pnd，病毒1.1.genomic.pni，病毒1.1.genomic.pog，病毒1.1。基因组。 psd，viral.1.1.genomic.psi，viral.1.1.genomic.psq，viral.1.1.genomic.fasta。我使用此命令行
制作了所有这些文件makeblastdb -in viral.1.1.genomic.fasta -out viral1.1.genomic -dbtype prot -parse_seqids
我只是不知道为什么我一直收到错误消息，说没有找到别名或索引文件。我已经阅读了其他人发布的其他类似问题，但似乎没有找到我的问题的答案。我尝试了其他的tblast和blastx，它们都返回了类似的错误，除了它说蛋白质数据库而不是核苷酸
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如果我没记错，你需要单独创建索引文件。但也要注意构建核苷酸和/或蛋白质dbs，然后用错误的BLAST n / p engin进行搜索。那么2004年。我假设你现在已经修好并重建你的数据库了吗？