教程：Blast +结果文件解析为fasta文件

Question

我是这个论坛的新手，也是计算分析的新手，我第一次使用独立的NCBI Blast +（blastp），我的结果文件格式如下：

查询= Y

长度= 6

主题= X

长度= 739

得分= 15.4位（28），期望= 0.044，方法：基于成分的统计数据。  同一性= 5/6（83％），正数= 6/6（100％），差距= 0/6（0％）

查询1 DDDIPF 6             d + DIPF Sbjct 244 DNDIPF 250

但是我想对所有命中进行多重比对，为此，我需要以下列快速格式提取序列：

  

主题= X

Sbjct 244 DNDIPF

是否有任何工具可以帮助从blast结果文件或工具/教程直接进行多重比对，以便以fasta格式提取序列以进一步处理。感谢。

Answer 1

如果要使用blast的直接输出，可以使用MView，重新格式化序列数据库搜索的结果。 否则，另一个选择是提取您感兴趣的序列的ID并执行alignmetn wioth另一个工具（例如肌肉）