如何找到一个不能由Blast给出任何结果的序列,但由FASTA给出?

时间:2014-10-22 12:54:44

标签: bioinformatics similarity fasta dna-sequence blast

我需要找到一个dna或蛋白质序列(查询),它不能通过使用Blast给出任何结果。同时,当我把它放入FASTA工具时它应该给出结果。

我能找到什么?

1 个答案:

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FASTA工具由EMBL-EBI http://www.ebi.ac.uk/Tools/sss/fasta/推出,并使用UniProt数据库。 NCBI的BLAST工具使用了许多列出的here数据库。虽然UniProt被誉为通用蛋白质资源,但它是蛋白质数据的中心库。 (参见维基百科条目)通过组合Swiss-Prot,TrEMBL和PIR-PSD数据库创建。从BLAST站点看来,TrEMBL数据库似乎没有包含在它们的存储库中,因此我会查找已加载到TrEMBL而不是其他数据库中的序列。