Question

我开始使用biopython，我对解析结果有疑问。我使用了tutorial来参与其中，这里是我使用的代码：

from Bio.Blast import NCBIXML
for record in NCBIXML.parse(open("/Users/jcastrof/blast/pruebarpsb.xml")):
    if record.alignments:
        print "Query: %s..." % record.query[:60]
        for align in record.alignments:
            for hsp in align.hsps:
                print " %s HSP,e=%f, from position %i to %i" \
                      % (align.hit_id, hsp.expect, hsp.query_start, hsp.query_end)

获得的部分结果是：

 gnl|CDD|225858 HSP,e=0.000000, from position 32 to 1118
 gnl|CDD|225858 HSP,e=0.000000, from position 1775 to 2671
 gnl|CDD|214836 HSP,e=0.000000, from position 37 to 458
 gnl|CDD|214836 HSP,e=0.000000, from position 1775 to 2192
 gnl|CDD|214838 HSP,e=0.000000, from position 567 to 850

我想要做的是按命中的位置（Hsp_hit-from）对结果进行排序，如下所示：

 gnl|CDD|225858 HSP,e=0.000000, from position 32 to 1118
 gnl|CDD|214836 HSP,e=0.000000, from position 37 to 458
 gnl|CDD|214838 HSP,e=0.000000, from position 567 to 850
 gnl|CDD|225858 HSP,e=0.000000, from position 1775 to 2671
 gnl|CDD|214836 HSP,e=0.000000, from position 1775 to 2192

我的rps-blast输入文件是一个* .xml文件。有什么建议继续吗？

谢谢！

Answer 1

HSP列表只是一个Python列表，可以照常排序。尝试：

align.hsps.sort(key = lambda hsp: hsp.query_start)

但是，您正在处理嵌套列表（每个匹配都有一个HSP列表），并且您希望对所有这些列表进行排序。在这里制作你自己的清单可能是最好的 - 像这样：

for record in ...:
    print "Query: %s..." % record.query[:60]
    hits = sorted((hsp.query_start, hsp.query_end, hsp.expect, align.hit_id) \
                   for hsp in align.hsps for align in record.alignments)
    for q_start, q_end, expect, hit_id in hits:
        print " %s HSP,e=%f, from position %i to %i" \
              % (hit_id, expect, q_start, q_end)

彼得

按击中位置对rps-blast结果进行排序

1 个答案: