我正在尝试在我的计算机上本地重现我使用BLAST在他们的网站上运行mirbase的内容。 '搜索序列'选项是：我在我的计算机上下载的成熟miRNA，并使用命令将其作为BLAST数据库：
./makeblastdb -in /home/marianoavino/Downloads/mature.fa -dbtype 'nucl' -out /home/marianoavino/Downloads/mature
然后在mirbase上我看到他们使用的电子值为10，我将其留在本地。
在分析结束时的mirbase上，他们为您提供了以下参数设置：
搜索参数
搜索算法： BLASTN 序列数据库： 成熟 Evalue截止值： 10 最大比对： 100 字号： 4 比赛得分： +5 不匹配罚款： -4
这是我在计算机上用于BLAST的命令行
./blastn -db /home/marianoavino/Downloads/mature -evalue 10 -word_size 4 -query /home/marianoavino/Downloads/testinputblast.fasta -task "blastn" -out /home/marianoavino/Downloads/testBLast.out
两种分析的结果不同，mirbase发现的东西比本地BLAST要多得多。
您是否知道我应该在本地blast命令行上使用哪些参数来匹配那些列出的mirbase参数以获得相同的答案？
答案 0 :(得分：0)
可能有很多原因导致不同的结果，包括您正在使用的爆炸版本以及它们使用的版本，参数（如您所说）和数据库中的差异（请记住，数据库大小用于计算evalue之类的内容，因此你可能会得到不同的结果）。
结果的精确复制可能很困难，但问题是是否有意义？仅仅因为对齐具有一些evalue（其中10非常高）并不意味着它是有意义的。对于给定的序列，如果搜索产生不同数量的比对，但是相同数量的高质量比对（高比特核，低评价，查询和主题序列之间的完全比对），它是否重要？< / p>
我会尝试比较结果，看看这些差异在哪里，然后继续前进