如何使用ftp创建本地blast数据库

Question

我想进行爆炸搜索，将基因与一个特定机构的基因组进行比较。像下面的东西，我可以把它放在循环中并继续更改$ OrganismName的值

blastn -query $Gene -db /Volumes/genomes/$OrganismName -out Acan_blast.txt -evalue 0.00001 -outfmt 6

从我在网络上的其他地方看到的情况看来，我需要使用ftp服务器创建本地数据库。我一直试图这样做而没有成功做像

这样的事情

makeblastdb -in ./index.html -out genomes -dbtype nucl -input_type blastdb

或

wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/

后面跟着1个

makeblastdb -in index.html -out genomes -dbtype nucl

makeblastdb -in ./index.html -out genomes -dbtype nucl -input_type blastdb

请解释一下您的命令和选项，我甚至不知道ftp是什么或为什么这是必要的，我不知道如何在下载ftp后使用ftp，我只知道这似乎是唯一的方法。

Answer 1

当用户chris.mit7指出here时，应该可以将-remote标志与-entrez_query标志组合在一起，以便一次获得单个物种的结果。要查询某个特定物种，比如Homo Sapiens，您可以将命令修改为以下内容：

blastn -query $Gene -db nr -out Acan_blast.txt -evalue 0.00001 -outfmt 6