Question

我正在尝试在我的机器（Mac）上运行独立的ncbi-blast-2.2.28 +，但在使用SwissProt数据库运行blastp时会收到此错误消息：

BLAST Database error: Could not find volume or alias file (nr.00) referenced in alias file (/Users/me/bin/db/swissprot.00).

我在这里做了什么：

1）从ncbi服务器下载了“ncbi-blast-2.2.28 + -universal-macosx.tar.gz”并解压缩

2）将文件夹的bin内容移动到$ PATH目录“/ Users / me / bin”

3）在“/ Users / me / bin”中，我创建了一个“db”文件夹，以及包含以下路径的“.ncbirc”文件：

[BLAST]
BLASTDB=/Users/me/bin/db

4）我下载了SwissProt数据库并在“/ Users / me / bin / db /：

中获得了以下文件

swissprot.00.msk
swissprot.01.msk
swissprot.02.msk
swissprot.03.msk
swissprot.04.msk
swissprot.05.msk
swissprot.06.msk
swissprot.07.msk
swissprot.08.msk
swissprot.09.msk
swissprot.10.msk
swissprot.00.pal
swissprot.01.pal
swissprot.02.pal
swissprot.03.pal
swissprot.04.pal
swissprot.05.pal
swissprot.06.pal
swissprot.07.pal
swissprot.08.pal
swissprot.09.pal
swissprot.10.pal
swissprot.pal

然后当我从任何工作目录（我的查询文件所在的位置）运行blastp时，使用以下命令：

blastp -query input.fasta -db swissprot

我收到以下错误消息：

BLAST Database error: Could not find volume or alias file (nr.00) referenced in alias file (/Users/me/bin/db/swissprot.00).

当我在其他线程上阅读时，我也尝试在命令行中提到db所在的整个路径，并从文件名中删除.pal扩展名。但仍然无效。

有人能看到我做错了吗？!!!!

Answer 1

您将数据库文件存储在db文件夹中，因此您必须提供此命令而不是您使用的命令：

blastp -query input.fasta -db db/swissprot

我相信您正在寻找控制台本身的输出，因为您没有使用-out选项。

此选项仅在将db文件夹所在的bin目录声明为环境变量时才有效。

Answer 2

您是否检查过.pal文件中的路径？

Answer 3

您下载的Swissprot数据库仅包含指向nr数据库中条目的链接：“nr - 非冗余GenBank CDS转换+ PDB + SwissProt + PIR + PRF，不包括env_nr中的条目”。所以你应该另外下载nr数据库，用SwissProt数据库在你的机器上运行独立的爆炸。它重约20（！）Gb，但没有它你的爆炸将无法工作。这是一个链接：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/

Answer 4

将所有文件从00到10个文件夹放入db，然后检查.pal文件应包含00到10个部分，例如nr数据库就像

“nr.00”“nr.01”“nr.02”“nr.03”“nr.04”“nr.05”“nr.06”“nr.07”“nr.08”“nr .09“”nr.10“

本地BLAST Swissprot数据库错误

4 个答案: