Question

当我运行tblastn

时，我收到了以下错误信息

tblastn -query~ / seq.fa -out~ / seq.out -db~ / blast / ncbi-blast-2.2.29 + / db / nr -num_alignments 20000 BLAST数据库错误：在搜索路径中找不到核苷酸数据库[〜/ blast / ncbi-blast-2.2.29 + / db / nr]的别名或索引文件[〜/ blast / ncbi-blast-2.2.29 + / bin：：/目录/路径/到/鼓风/数据库：

在/ db中，对于所有nr文件，存在具有phd，phi，phr，pin，pnd，pni，pgo，ppd，ppi，psd，psi和psq扩展名的nr文件，范围从00到16，即nr。 00.phr等。

如果索引文件是db文件夹中的这些文件之一，为什么blast找不到它们？

是否包含代表性基因组，因为这是我想要使用的？

微生物数据库怎么样？

非常感谢

Answer 1

Blast无法找到nr数据库，因为它正在查找名为nr.phd，nr.phi等的文件...如果在nr.pal中创建一个名为~/blast/ncbi-blast-2.2.29+/db/的文件，其中包含以下内容：

TITLE nr database
DBLIST  nr.00 nr.01 nr.02 nr.03 nr.04 nr.05 nr.06 nr.07 nr.08 nr.09 nr.10 nr.11 nr.12 nr.13 nr.14 nr.15 nr.16

你的命令应该有效。让我知道它是怎么回事......祝你好运，保罗

爆炸数据库索引错误

1 个答案: