Question

我正在尝试运行blastn，然后也是SIFT独立运行。我遇到了数据库配置问题，因为我得到以下内容：

arron@arron-Ideapad-Z570 ~/Phd/programs/sift4.0.3b $ blastn -query test/lacI.fasta -db db/swissprot/
BLAST Database error: No alias or index file found for nucleotide database [db/swissprot/] in search path [/home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b:::]

在得到其他线程的一些建议后，我下载了一个蛋白质数据库，例如swissprot：

wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/fastafiles/uniprot/uniprotkb_swissprot.gz

zcat uniprotkb_swissprot.gz | awk '{if (/^>/) { print ">" $2} else { print $_}}' > swissprot.fa

然后使用makeblastdb创建一个blast数据库：

arron@arron-Ideapad-Z570 ~/Phd/programs/sift4.0.3b/db/swissprot $ makeblastdb -in swissprot.fa -dbtype prot

Building a new DB, current time: 10/27/2014 13:18:57
New DB name:   swissprot.fa
New DB title:  swissprot.fa
Sequence type: Protein
Keep Linkouts: T
Keep MBits: T
Maximum file size: 1073741824B
Adding sequences from FASTA; added 546439 sequences in 19.0039 seconds.

但我仍然遇到同样的问题。我做错了什么？

Answer 1

您已列出数据库文件所在的文件夹，而不是数据库本身。尝试：

blastn -query test/lacI.fasta -db db/swissprot/swissprot.fa

（当然，这不会起作用，因为你试图使用蛋白质数据库进行blastn。你需要使用blastx）

Answer 2

您可以尝试运行蛋白质blast，因为swissprot是蛋白质数据库，blastn用于核苷酸序列

BLAST数据库错误：未找到核苷酸数据库的别名或索引文件

2 个答案: