使用一个fasta文件对文件中的所有数据进行爆炸,以找到所有对齐方式

时间:2018-09-27 21:14:08

标签: linux blast

我想使用15SAPIs_integrases_nt炸毁fasta_files文件(超过100个fa文件)中的所有fa文件数据,以查找是否有对齐方式在bach窗口中使用以下代码:

对于我在$(ls fasta_files)中;做makeblastdb -in $ {i} -dbtype'nucl'-out $ {i} .contigs.fasta.index; blastn -query 15SAPIs_integrases_nt.fasta -db $ {i} .contigs.fasta.index -out $ {i} .blast.out -num_alignments 100 -num_threads 5 -best_hit_score_edge 0.1 -word_size 4 -evalue .001 -outfmt 8;完成

输出的数据应在Excel表中enter image description here

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