从本地源以图形方式显示BLAST比对

时间:2017-09-18 21:36:24

标签: python css graphics blast

我有一个问题,我正在尝试解决。我有一个大约25,000个基因的大型数据集,它们似乎是域改组或基因融合的产物。我想基于BLAST outfmt 6输出以pdf格式查看这些对齐。

我有每个基因的BLAST输出文件,其中包含1个序列(重组基因)和不同数量的主题基因,其中包含以下列: qseqid sseqid evalue qstart qend qlen sstart发送纤细的长度 我希望通过一些代码解析文件以生成附件等图像,使用以下示例blast输出文件:

Equatable

我正在寻找一个厚色条的查询序列,每个主题的对齐部分是粗彩色条纹,黑色细线显示基因长度的其余部分(每行一个主题显示所有对齐部分查询)。

有没有人知道任何软件或知道任何github代码可能会做这样的事情?

非常感谢!

Sample alignment

0 个答案:

没有答案