我正在使用以下命令对NCBI数据库和Silva数据库进行局部爆破:
blastn -db db/16SMicrobial -query input.fa -out outputNCBI.csv -task blastn -dust no -max_target_seqs 1 -outfmt "10 pident evalue bitscore score seqid stitle staxids scomnames sscinames sskingdom"
blastn -db db/Silva -query input.fa -out outputSilva.csv -task blastn -dust no -max_target_seqs 1 -outfmt "10 pident evalue bitscore score seqid stitle staxids scomnames sscinames sskingdom"
问题出在结果上。带注释的分类法完全不同。我已经通过在线爆破手动检查了其中的一些,似乎席尔瓦正在给出正确的结果,这意味着当地的席尔瓦结果与在线NCBI结果一致。
两个数据库都在同一个文件中。这就是它的内容:
@:~/Desktop/db$ ls -a
16SMicrobial.nni Silva_119.fasta taxdb.btd
16SMicrobial.nog Silva_123.fasta taxdb.bti
16SMicrobial.nhr 16SMicrobial.nsd Silva.nhr tax_slv_ssu_123.txt
16SMicrobial.nin 16SMicrobial.nsi Silva.nin
16SMicrobial.nnd 16SMicrobial.nsq Silva.nsq
有谁知道原因是什么?
我将不胜感激任何帮助。
电贺, 伊琳娜