局部爆破(16SrRNA) - 来自NCBI的分类学注释与席尔瓦不同

时间:2016-07-04 16:08:04

标签: blast ncbi

我正在使用以下命令对NCBI数据库和Silva数据库进行局部爆破:

blastn -db db/16SMicrobial -query input.fa -out outputNCBI.csv -task blastn -dust no -max_target_seqs 1 -outfmt "10 pident evalue bitscore score seqid stitle staxids scomnames sscinames sskingdom"
blastn -db db/Silva -query input.fa -out outputSilva.csv -task blastn -dust no -max_target_seqs 1 -outfmt "10 pident evalue bitscore score seqid stitle staxids scomnames sscinames sskingdom"

问题出在结果上。带注释的分类法完全不同。我已经通过在线爆破手动检查了其中的一些,似乎席尔瓦正在给出正确的结果,这意味着当地的席尔瓦结果与在线NCBI结果一致。

两个数据库都在同一个文件中。这就是它的内容:

@:~/Desktop/db$ ls -a
16SMicrobial.nni  Silva_119.fasta  taxdb.btd
16SMicrobial.nog  Silva_123.fasta  taxdb.bti
16SMicrobial.nhr  16SMicrobial.nsd  Silva.nhr        tax_slv_ssu_123.txt
16SMicrobial.nin  16SMicrobial.nsi  Silva.nin
16SMicrobial.nnd  16SMicrobial.nsq  Silva.nsq

有谁知道原因是什么?

我将不胜感激任何帮助。

电贺, 伊琳娜

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