Question

>1A3B:H|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
IVEGSDAEIGMSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTENDLLVRIGKHSRTRYERNIEKISM
LEKIYIHPRYNWRENLDRDIALMKLKKPVAFSDYIHPVCLPDRETAASLLQAGYKGRVTGWGNLKETWTANVGKGQPSVL
QVVNLPIVERPVCKDSTRIRITDNMFCAGYKPDEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPFNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFY
THVFRLKKWIQKVIDQFGE
>1A3B:I|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
GGQSHNDGDFEEIPEEYL
>1A3B:L|PDBID|CHAIN|SEQUENCE
TFGSGEADCGLRPLFEKKSLEDKTERELLESYIDGR

这是存储在文本文件中的数据。我如何严格地在

之间提取数据

  ">1A3B:I|PDBID|CHAIN|SEQUENCE" and ">1A3B:L|PDBID|CHAIN|SEQUENCE",

仅限

">1A3B:I|PDBID|CHAIN|SEQUENCE"

我们知道。

此外，在这个给定的例子中，虽然要检索的数据只有一行，但它也可以变化多行。到目前为止，我尝试将文件的整个内容写入字符串变量并使用子字符串，但由于结束索引未知，该逻辑似乎存在缺陷。请帮忙

import java.io. *;公共课ReadingChainSpecificFastaSequence {

    public static void main(String[] args) {


            File file = new File("1A3B.fasta.txt");
            BufferedInputStream bin = null;

            try
            {

                    FileInputStream fin = new FileInputStream(file);


                    bin = new BufferedInputStream(fin);


                    byte[] contents = new byte[1024];

                    int bytesRead=0;
                    String strFileContents=null;

                    while( (bytesRead = bin.read(contents)) != -1){

                            strFileContents = new String(contents, 0, bytesRead);

                    }
                   // System.out.print(strFileContents); 
                    String search = ">1A3B:I|PDBID|CHAIN|SEQUENCE";
                    int start = (strFileContents.indexOf(search))+30;
                    String search2= ">1A3B:L|PDBID|CHAIN|SEQUENCE";
                    int end= (strFileContents.indexOf(search2));
                   String result = strFileContents.substring(start,end);

            }
            catch(FileNotFoundException e)
            {
                    System.out.println("File not found" + e);
            }
            catch(IOException ioe)
            {
                    System.out.println("Exception while reading the file "+ ioe);
            }
            finally
            {

                    try{
                            if(bin != null)
                                    bin.close();
                    }catch(IOException ioe)
                    {
                            System.out.println("Error while closing thestream:"+ioe);
                    }

            }
    }
    }

Answer 1

您似乎想要阅读每一行输入，并且：

如果该行中存在\，请将其拆分为此字符
查看拆分字符串的第一个元素并在:处将其分解以查找当前标记，将第一部分（1A3B）保存到变量，将第二部分保存到另一个变量< / LI>
从这个“开始”标记中，确定您要查找的下一个标记是什么：通过获取第一部分并将第二部分之后的字母添加到其中（以形成1A3B:L）。
继续阅读每一个新输入行，将这些行存储在某种List或数组中，直到一行以结束标记（1A3B:L）开头。

Answer 2

将问题分解为更小，更容易定义的步骤。

您知道您的文件包含文件结尾，并且您知道您的文件使用了＆gt;用于定义文本部分开头的符号。

将文件读入字符串。
查找第一个＆gt;。
查找下一行分隔符的索引。
解释部分标题。
查找下一个＆gt;的索引，或文件结尾
在行分隔符和索引之间保存数据。
从下一行分隔符步骤的查找索引重复，直到文件结束。

从JAVA中的文件中提取特定数据

2 个答案: