如何在apache2服务器上运行本地blast程序

Question

我正在apche2服务器上运行一个本地爆炸程序......但它显示我的错误。 ---------------------警告---------------------

MSG：无法找到blastall的路径

我的代码是..

 #!/usr/bin/perl
print "Content-type: text/html\n\n";
use Bio::Perl;
use Bio::Tools::Run::StandAloneBlast;
@params = ('database' => 'btaudb','outfile' => 'bla.out', 
        '_READMETHOD' => 'Blast', 'prog'=> 'blastn');

 $factory = Bio::Tools::Run::StandAloneBlast->new(@params);
 $str = Bio::SeqIO->new(-file=>'test_query.fa' , '-format' => 'Fasta' );
 $input = $str->next_seq();


 $factory->blastall($input);

当我在终端中运行相同的代码时工作正常...并显示mw正确的结果.... pl帮助我...如何在apche2服务器中运行本地balst程序.....

Answer 1

根据我的经验，该消息表示您的路径中没有“blastall”工具。也就是说，如果你在你的命令行输入“blastall -p blastn -d dbname -i input -o output”，正常情况下，你的shell会抱怨无法找到blastall。

Blastall界面似乎即将推出，如下所示：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1763/#CmdLineAppsManual.I43_Backwards_compatib。较新版本的BLAST只安装了这个包装器脚本，并期望您可以使用BLAST +接口。

我使用Bio::Tools::Run::StandAloneBlastPlus找到了成功。界面非常相似，如果您的代码库还不是很广泛，那么开始使用它应该相对简单。