我的问题是我有一个带有Torque PBS的集群服务器，并希望用它来运行与程序rapsearch的序列比较。 正常的RapSearch命令是：
./rapsearch -q protein.fasta -d database -o output -e 0.001 -v 10 -x t -z 32
现在我想在集群服务器上运行2个节点。
我尝试过：echo "./rapsearch -q protein.fasta -d database -o output -e 0.001 -v 10 -x t -z 32" | qsub -l nodes=2但没有任何事情发生。
你有什么建议吗？哪里我错了？请帮助。
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默认情况下，标准输出（和错误输出）文件放在主目录中;看一看。您正在寻找名为STDIN.e[numbers]的文件，它将包含错误消息。
但是，我看到你正在使用./rapsearch但是并没有明确说明你所在的目录。因此，你的问题可能是将目录更改为你提交的目录。当您的终端位于rapsearch可执行文件的目录中时，请尝试echo "cd \$PBS_O_WORKDIR && ./rapsearch [arguments]" | qsub [arguments]将您的作业提交到群集。
其他提示：
如果经常使用，可以将rapsearch添加到路径中。然后你可以像任何地方的常规命令一样使用它。这是将export PATH=/full/path/to/rapsearch/bin:$PATH行添加到.bashrc文件中的问题。
创建用于qsub的提交脚本。 Here就是一个很好的例子。