Question

我试图破译为什么在尝试使用SIFT时出现分段错误。

我正在使用测试fasta文件，以及他们提供的替代文件。我正在使用swissport数据库，我可以在我的系统上成功地进行BLAST。

以下是我尝试使用SIFT时的结果：

arron@arron-Ideapad-Z570 ~/Phd/programs/sift4.0.3b $ bin/SIFT_for_submitting_fasta_seq.csh test/lacI.fasta db/swissprot.fa test/lacI.subst 2.75
tail is lacI.fasta
query is /home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b/tmp/lacI.fasta.query
query length 360
entered read_psiblastuntillat
Segmentation fault
tell me i've entered
info_on_seqs
fawegwa
cannot open file /home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b/tmp/lacI.alignedfasta 
Output in /home/arron/Phd/programs/sift4.0.3b/tmp/lacI.SIFTprediction

我在最近两个小时内一直试图找到一些处理错误的源代码，但我没有成功。有没有人有SIFT分段错误的经验，或者能够指出我的源代码，以便我可以看到出了什么问题？

非常感谢。

Answer 1

您是否有理由使用如此旧版本的SIFT？我认为最新版本是5.2.1，你似乎在使用4.0.3b

我的猜测是你使用的是与旧版SIFT不兼容的新版Blast。

sift 5.2的发行说明说：

SIFT 5.2.0发布。代码已更新为与更高版本的BLAST兼容（在2.2.28+上测试）

因此，我建议使用新版本的SIFT或旧版本的爆炸，看看是否能解决问题。

SIFT分割故障

1 个答案: