tblastn使用GI代替fasta进行搜索

时间:2016-02-03 17:01:05

标签: blast

我必须为某些gi执行tblastn。我一直用fasta文件测试我的脚本,它运行得很好,但是现在,当我尝试使用GI编号时,它崩溃了。

col-sm-6

我用gi | 351738029尝试了这个号码,但我没看到问题出在哪里。

编辑:我也试过这个

tblastn -query 351738029 db /home/databases/nt/nt -out $output -show_gis

但是“|”被解释为管道。还尝试在“”之间编写整个GI,但没用。

1 个答案:

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我发现你不能简单地直接使用gi作为参数,它必须在文件中。好的一面是你可以使用一个包含几个gi的文件,它会查询所有这些文件。