tblastn使用GI代替fasta进行搜索

Question

我必须为某些gi执行tblastn。我一直用fasta文件测试我的脚本，它运行得很好，但是现在，当我尝试使用GI编号时，它崩溃了。

col-sm-6

我用gi | 351738029尝试了这个号码，但我没看到问题出在哪里。

编辑：我也试过这个

tblastn -query 351738029 db /home/databases/nt/nt -out $output -show_gis

但是“|”被解释为管道。还尝试在“”之间编写整个GI，但没用。

Answer 1

我发现你不能简单地直接使用gi作为参数，它必须在文件中。好的一面是你可以使用一个包含几个gi的文件，它会查询所有这些文件。