Question

我对python很新，我的python脚本（split_fasta.py）存在问题。以下是我的问题的一个例子：

list = ["1.fasta", "2.fasta", "3.fasta"]
for file in list:
    contents = open(file, "r")
    for line in contents:
        if line[0] == ">":
            new_file = open(file + "_chromosome.fasta", "w")
            new_file.write(line)

我已经离开了程序的底部部分，因为它不需要。我的问题是，当我运行这个程序与我的fasta123文件一样，它运行得很好：

python split_fasta.py * .fasta

但如果我在另一个目录中，并且我希望程序将新文件（例如1.fasta_chromsome.fasta）输出到我当前的目录......它不会：

python /home/bin/split_fasta.py / home / data / * .fasta

这仍然会在与fasta文件相同的目录中创建新文件。这里的问题我确定在这一行：

new_file = open(file + "_chromosome.fasta", "w")

因为我将其更改为：

new_file = open("seq" + "_chromosome.fasta", "w")

它在我当前的目录中创建一个输出文件。

我希望这对你们中的一些人有意义，并且我可以得到一些建议。

Answer 1

您正在提供旧文件的完整路径以及新名称。所以基本上，如果file == /home/data/something.fasta，输出文件将是file + "_chromosome.fasta" /home/data/something.fasta_chromosome.fasta

如果您在os.path.basename上使用file，您将获得该文件的名称（例如，在我的示例中，something.fasta）

来自@Adam Smith

您可以使用os.path.splitext删除.fasta
basename, _ = os.path.splitext(os.path.basename(file))

回到代码示例，我看到了Python中不推荐的很多东西。我会详细介绍。

避免隐藏内置名称，例如list，str，int ......它不明确，可能会在以后导致潜在问题。

打开文件进行读写时，应使用with语法。强烈建议这样做，因为它会关闭文件。

with open(filename, "r") as f:
    data = f.read()
with open(new_filename, "w") as f:
    f.write(data)

如果您的文件中有空行，line[0] == ...将导致IndexError例外。请改用line.startswith(...)。

最终代码：

files = ["1.fasta", "2.fasta", "3.fasta"]
for file in files:
    with open(file, "r") as input:
        for line in input:
            if line.startswith(">"):
                new_name = os.path.splitext(os.path.basename(file)) + "_chromosome.fasta"
                with open(new_name, "w") as output:
                    output.write(line)

通常情况下，人们会来找我，然后说＆＃34; 那个丑陋的＆＃34;。并不是的：）。缩进的级别清楚地表明了什么是上下文。

在python中使用变量作为新文件名的一部分

1 个答案: