Question

我很好奇这是否可能。我有以下数据：

library(vegan)
data(dune)
data(dune.env)
dune.spec<-data.frame(Species=colnames(dune))
dune.spec$var1<-runif(30, min=0, max=10)
dune.spec$var2<-runif(30, min=30, max=100)
dune.spec$var3<-runif(30, min=100, max=200)

用于创建NMDS并适合环境数据集dune.env

ord <- metaMDS(dune)
ord.fit <- envfit(ord ~ A1 + Management, data=dune.env, perm=999)
plot(ord, dis="species")
plot(ord.fit)

但是，我还有关于我想要适合的物种的进一步数据：

View(dune.spec)

可以这样做吗？

编辑（希望）清晰度：我不想让spec.env符合网站分数。网站的分数在dune.env。我想知道是否有一种有意义的方法将这两种措施添加到NMDS。因此，例如我会有环境措施（管理等等）的分数，以及在这些地点发现的物种以及环境措施如何影响物种组成的衡量标准....我想知道是否有一种方法可以添加物种数据，以便有一些措施，不仅是一个地点的特征物种及其环境措施，而是添加这些物种的几个特征（Var1，var2，var3）。实质上是为了衡量特定地区居住的物种的特征。

Answer 1

在display中使用参数envfit来选择您要使用的分数类型。举个例子，那就是：

specfit <- envfit(ord ~ var1 + var2 + var3, dune.spec, display="sp")
plot(specfit)

Answer 2

另一种选择是使用ordisurf（）以下列形式对一般加法模型进行建模：＆＃39;环境变量＆＃39; ~nmds1 + nmds2，它将绘制三维空间中的模型，这可能是有用的显示多元空间的环境变量。如果你想比较沙丘和dune.env之间的差异，那么我建议使用共惯性

NMDS对环境数据和物种数据的排序

2 个答案: