如何仅绘制NMDS中最丰富的物种？

Question

我需要绘制一个排序图，只显示20个最丰富的物种。

我尝试对物种库伦求和，然后仅选择某个总和值：

abu <- colSums(dune)
abu
sol <- metaMDS(dune)
sol
plot(sol, type="text", display="species", select = abu > 40)

我收到此错误：select不是图形参数

我希望只能看到少数物种，但不会发生， 您如何在NMDS图中仅显示少数物种？

Answer 1

这并不简单。由于选择不是绘图的参数，因此出现错误。不幸的是，分析的结果不是可以轻松处理的data.frame（例如，使用tidyverse），更不幸的是，调用的plot（）函数不是您的标准绘图，而是专门为此对象定义的方法类。该方法的作者没有预见到您的需要，因此，我们必须手动进行绘制。但是要做到这一点，我们需要了解什么是绘图以及如何绘图。

让我们进一步了解对象sol：

class(sol)
# [1] "metaMDS" "monoMDS"
methods(class="metaMDS")
# [1] goodness    nobs        plot        points      print       scores      sppscores<- text

哦，好，我们有一种绘图方法。经过一会儿的挖掘，我们在vegan包中找到了它（未导出），因此我们需要通过vegan:::plot.metaMDS访问它。它似乎是一个称为ordiplot的函数的包装器。我们使用edit()编辑该函数以弄清楚它在做什么。本质上，它可以归结为以下内容（带有大量不必要的代码）：

Y <- scores(sol, display="species")
plot(Y, type="n")
text(Y[,1], Y[,2], rownames(Y), col="red")

这或多或少是您的情节。现在选择要显示的物种是微不足道的，但是首先我们必须确保Y的行与沙丘的列的顺序相同：

all(colnames(dune) == rownames(Y))
Y.sel <- Y[colSums(dune) > 40, ]
plot(Y.sel[,1], Y.sel[,2], type="n", xlim=c(-.8, .8), ylim=c(-.4, .4))
text(Y.sel[,1], Y.sel[,2], rownames(Y.sel), col="red")

我们当然可以做得更好。例如，使用ggplot（当然也可以使用底数R绘制更好的图）。实际上，我们可以使用尺寸美学来显示植物的丰富度：

library(ggplot2)
library(ggrepel)

Y <- data.frame(Y)
Y$abundance <- colSums(dune)
Y$labels <- rownames(Y)

ggplot(Y, aes(x=NMDS1, y=NMDS2, size=abundance)) +
   geom_point() + geom_text_repel(aes(label=labels)) + 
   theme_minimal()

要按数量过滤物种，我们现在可以执行以下操作：

library(tidyverse)
Y %>% filter(abundance > 40) %>%
  ggplot(Y, aes(x=NMDS1, y=NMDS2, size=abundance)) +
    geom_point() + geom_text_repel(aes(label=labels)) + 
    theme_minimal()