r - phyloseq - 除物种（家庭，秩序等）以外的分类群的排序

Question

我已经查看了phyloseq教程，但我无法确定如何确定压力水平并绘制特定分类群（除物种外）的排序，例如家庭或其他分类。

为了说明我的观点，以下是以下R代码：

library("phyloseq")

data(GlobalPatterns)

GP <- GlobalPatterns

这是一种仅隔离家庭分类单元的尝试

GPtaxa <- tax_table(GP)[, "Family"]

GPotu <- otu_table(GP)

GPsd <- sample_data(GP)

GPpt <- phy_tree(GP)

GPnew <- phyloseq(GPotu, GPsd, GPtaxa, GPpt)

使用默认的GlobalPatterns数据集

GP1 <- ordinate(GP, "NMDS", engine = "monoMDS", maxit = 200, try = 100)

GP1$stress

# [1] 0.1612348

使用修订后的GlobalPatterns数据集，将family作为唯一的分类单元

GP2 <- ordinate(GPnew, "NMDS", engine = "monoMDS", maxit = 200, try = 100)

GP2$stress

# [1] 0.1612348

如何使用phyloseq对物种以外的分类群进行排序？

我知道如何在素食主义者中这样做，但我需要一个phyloseq解决方案。

谢谢。

Answer 1

您对tax_table()访问者方法的调用没有按照您在帖子中的建议进行分组或聚合。它只是单独返回分类表，在公共矩阵括号表示法中以"Family"列为子集。

你要找的是tax_glom首先进行聚集。

library("phyloseq")
data(GlobalPatterns)
GPnew <- tax_glom(GlobalPatterns, "Family")

现在是圣职任命

ord1 <- ordinate(GPnew, "NMDS", "bray")
plot_ordination(GPnew, ord1, color="SampleType")