我是R的新手。我有uBiome数据(在csv中),我想转换为Phyloseq。一直在尝试使用名为Actino的R包,但是每当我使用actino::experiment_to_phyloseq()
函数时,都会出现“错误:输出的每一行都必须由键的唯一组合标识”。还说“密钥共享为2956行”以及行对列表。
我有两个文件:csv文件(taxannotation.csv
)和映射文件(mapfile.csv
)。我的 csv文件包含ssr,tax_name,tax_rank,count和percent列。
映射文件在第一列中包含与csv文件中的ssrs类似的ssrs,以及其他属性。
我使用代码
taxannotation.ps<-experiment_to_phyloseq(taxannotation,mapfile)
尽管我的csv文件中的ssrs在不同的行中重复,但我相信tax_name,tax_rank,count和percent等其他列都为每行赋予了不同的标识。
已经尝试搜索答案,但从未真正找到能提供信息或帮助的答案。