如何解决R

时间:2019-05-22 02:24:30

标签: r csv phyloseq

我是R的新手。我有uBiome数据(在csv中),我想转换为Phyloseq。一直在尝试使用名为Actino的R包,但是每当我使用actino::experiment_to_phyloseq()函数时,都会出现“错误:输出的每一行都必须由键的唯一组合标识”。还说“密钥共享为2956行”以及行对列表。

我有两个文件:csv文件(taxannotation.csv)和映射文件(mapfile.csv)。我的 csv文件包含ssr,tax_name,tax_rank,count和percent列。

taxannotation.csv

映射文件在第一列中包含与csv文件中的ssrs类似的ssrs,以及其他属性。

我使用代码
taxannotation.ps<-experiment_to_phyloseq(taxannotation,mapfile)

尽管我的csv文件中的ssrs在不同的行中重复,但我相信tax_name,tax_rank,count和percent等其他列都为每行赋予了不同的标识。

已经尝试搜索答案,但从未真正找到能提供信息或帮助的答案。

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