按照R中物种的顺序过滤genbank文件

时间:2017-07-20 20:05:58

标签: r bioinformatics genbank

我制作了456个哺乳动物FOXP2基因序列的genbank文件的本地数据库,这个序列来自一个blastn。我正在使用"猿" R包为了探索genbank文件,我使用带有456个ID的read.genbank函数并将结果存储在一个对象上。我想从所有这些哺乳动物序列中对啮齿动物进行分组,但是对象具有的唯一属性是名称(ID),类别,描述和物种。有没有办法过滤我的文件才能得到啮齿动物?

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