Question

提前道歉，我很难说出这个问题。我有一个物种相互作用矩阵，其中列和行代表物种，矩阵填充是它们相互作用的频率：

matrix<-   2A   2B   2C   
         1A 1   2    4      
         1B 0   1    1    
         1C 5   4    1

我想用以下形式制作一个矩阵：

 mat<-        
            comm
     1A_2A   1
     1A_2B   2
     1A_2C   4
     1B_2A   0
     1B_2B   1
     1B_2C   1
     1C_2A   5
     1C_2B   4
     1C_2C   1

物种相互作用成为行，列可以是任何变量，但矩阵填充仍然是相互作用的频率，结构仍然是一个矩阵。这样，矩阵采用社区x物种矩阵的形式。我想以这种方式折叠矩阵并保留矩阵形式的原因是为了能够使用library(vegetarian)中的函数，例如需要矩阵形式的d()。

Answer 1

使用：

m2 <- matrix(t(m1))
dimnames(m2) <- list(paste(rep(rownames(m1), each = nrow(m1)),
                           colnames(m1), sep = '_'),
                     'comm')

给出：

> m2
      comm
1A_2A    1
1A_2B    2
1A_2C    4
1B_2A    0
1B_2B    1
1B_2C    1
1C_2A    5
1C_2B    4
1C_2C    1

这是做什么的：

您可以将矩阵视为二维向量。要获得矢量，您只需使用c(m1)即可。这将给出一个向量，其中第一列的值首先是第一列的值，然后是第二列的值，依此类推。要以行方式获取值，您可以使用t(m1)转换矩阵。
通过将其包装在matrix中，您将获得一列矩阵，这是未指定列数或行数时的默认行为。因此，matrix(t(m1))与matrix(t(m1), ncol = 1)相同。
最后，您创建一个长度为2的列表，其中包含rownames（paste(rep(rownames(m1), each = nrow(m1)), colnames(m1), sep = '_')和columnnames（'comm）并将其分配给dimnames。新的rownames是通过重复每个rowname {来创建的。 {1}}与m1中的列数一样多次，并使用列名称的向量粘贴（将被回收）。

如果您希望按列顺序排列值，则可以将上述代码调整为：

m1

给出相同的结果，但顺序不同：

m2 <- matrix(m1)
dimnames(m2) <- list(paste(rownames(m1),
                           rep(colnames(m1), each = ncol(m1)), sep = '_'),
                     'comm')

或者您也可以使用> m2 comm 1A_2A 1 1B_2A 0 1C_2A 5 1A_2B 2 1B_2B 1 1C_2B 4 1A_2C 4 1B_2C 1 1C_2C 1 - 包：

reshape2

返回一个数据帧：

library(reshape2)
d1 <- melt(m1)
rownames(d1) <- paste(d1$Var1, d1$Var2, sep = '_')
d1 <- d1[, 3, drop = FALSE]

要获取矩阵，您只需将> d1 value 1A_2A 1 1B_2A 0 1C_2A 5 1A_2B 2 1B_2B 1 1C_2B 4 1A_2C 4 1B_2C 1 1C_2C 1包裹在d1：as.matrix中。

使用过的数据：

as.matrix(d1)

Answer 2

使用dplyr / tidyverse：

library(tidyverse)

df <-   read.table(textConnection("2A   2B   2C   
         1A 1   2    4      
         1B 0   1    1    
         1C 5   4    1"), check.names=F)

new_df <- df %>% rownames_to_column("Species_1") %>% gather(key="Species_2", value="Interactions", -Species_1)


Species_1 Species_2 Interactions
1        1A        2A            1
2        1B        2A            0
3        1C        2A            5
4        1A        2B            2
5        1B        2B            1
6        1C        2B            4
7        1A        2C            4
8        1B        2C            1
9        1C        2C            1

通过物种矩阵将物种基质折叠到现场

2 个答案: