将随后几年的物种数据投射到PCA协调上

Question

我在一年内为多个地点运行了Hellinger转化物种数据的PCA（例如：1995）。我想通过将1996年的数据预测到从第一年的数据（1995年）构建的PCA排序，来计算明年（1996年）相同地点的站点得分。这是为了测量在一年到一年的圣职任命空间中移动的距离。是否有R包允许我这样做？

Answer 1

正如@Richard Telford所提到的，如果您使用素食主义包中的predict来执行此PCA，则可以使用"rda"方法进行课程rda()。

以下是使用荷兰沙丘数据集的示例，假设前半部分来自第1年，后半部分来自第2年（他们没有）。

制作最终情节的所有步骤都涉及到一些，但预测很容易做到;主要的是你需要在两年的数据集中使用相同的列（相同的物种）。

library("vegan")
data(dune)
take <- seq_len(floor(nrow(dune) / 2))
pca <- rda(dune[take, ], scale = TRUE)

设置分数缩放的默认值并提取观察到的网站分数

scl <- "sites"
scrs <- scores(pca, display = "sites", choices = 1:2, scaling = scl)

从pca预测左侧dune个样本。请注意，您必须指定type = "wa"才能获得网站分数。

pred <- predict(pca, newdata = dune[-take, ], type = "sites",
                scaling = scl)

当我们创建绘图时，我们需要轴限制而不是两个绘图的跨度分数，以防：

lims <- apply(rbind(scrs, pred[, 1:2]), 2L, range)

（注意pred包含所有轴的预测，而不仅仅是前两个;您可以使用rank参数进行调整。）

现在我们可以绘制两组得分，第1年为分数，第2年为第1年至第2年预测的箭头：

plot(pca, display = "sites", type = "n", scaling = scl,
     xlim = lims[,1], ylim = lims[,2])
arrows(scrs[,1], scrs[,2], pred[,1], pred[,2], col = "blue",
       length = 0.1)
points(pca, display = "sites", scaling = scl, pch = 21, bg = "white")

这会产生：