将x轴按一个然后另一个参数排序，并在ggplot（phyloseq）中进行绘制

Question

我正在尝试在ggplot中绘制phyloseq / deseq2数据输出（y上为Log2FoldChange，x上为Species名称），我希望能够通过自养和异养以及最大-最小值对它们进行排序。我有一列添加到Taxa文件中，名为“ Trophic”。

Taxa file snippet

管道将phyloseq对象转换为deseq对象，这就是Log2FoldChange进入的地方。

deseq output snippet

然后将它们组合在一起，这就是我正在使用的。 （Here is the tutorial（如果您需要更多内容）

我有这段代码，我认为该代码按从最高到最低的Log2FoldChange对物种进行排序，并带有类似this的图形。

x = tapply(sigtab$log2FoldChange, sigtab$Species, function(x) max(x)) 
x = sort(x, TRUE)
sigtab$Species = factor(as.character(sigtab$Species), levels=names(x)

但是，我不确定如何修改此设置，以便首先根据营养状态然后按物种对其进行分类，然后按原样进行绘制。

我基本上希望能够具有同一图形的两个“边”（自动然后是异边），它们的两个值从Log2FoldChange的最大值到最小值进行排序。

有人可以帮我解决这个问题吗？