Question

当尝试安装生物导体（用于安装phyloseq软件包）时，我收到一些警告和错误消息

几天前我有了一个新的硬盘驱动器，所以我必须重新安装所有程序，包括R和我通常需要的所有软件包。一切正常，直到我尝试使用生物导体。

我正在使用推荐给我的代码：来源（'http://bioconductor.org/biocLite.R'） biocLite（'phyloseq'）

我收到的错误消息是：

使用Bioconductor 3.7（BiocInstaller 1.30.0），R 3.6.0（2019-04-26）。   安装路径不可写，无法更新软件包：集群，   nlme正在更新软件包“双向”警告：无法访问以下文件的索引：   资料库   https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/bin/windows/contrib/3.6：
  无法打开URL   'https://bioconductor.org/packages/3.7/bioc/bin/windows/contrib/3.6/PACKAGES

那么显然有几个问题吗？

某些软件包由于错误的libpath和而无法更新
R无法打开生物导体的碰撞

感谢您的建议！

Answer 1

Bioconductor绑定到特定的R版本。您正在尝试在不匹配的R（3.6）版本上使用Bioconductor（3.7）版本。版本之间存在map，但是潜在的问题是您正在使用R-3.5库，希望它们可以在R-3.6中使用。您应该改为使用R-3.6特定的安装“重新开始”。此外，“ BiocInstaller”已被BiocManager取代；您的“推荐代码”已过期，如软件包landing pages所示。

如果您想继续使用以前的库安装（请注意，这是一条单向路，您将放弃可用的R-3.5安装），请尝试删除所有版本的BiocVersion和BiocInstaller软件包。

remove.packages(c("BiocVersion", "BiocInstaller")) # repeat 'till all removed

从新库开始或删除以前版本的BiocVersion / BiocInstaller之后，从CRAN安装BiocManager

install.packages("BiocManager")

开始您的业务

BiocManager::install("phyloseq")

请确保验证安装，以免混用来自不同Bioconductor版本的软件包

BiocManager::valid()

检出当前程序包的登录页面，例如phyloseq或installation页面。

为什么R无法访问生物导体库的索引

1 个答案: