“metaMDS”可以同时执行PCoA和NMDS吗？

Question

我正在学习如何做PCoA，但是当我测试metaMDS时，结果是不同的。

NMDS<-metaMDS(eurodist)
plot(NMDS)

NMDS<-metaMDS(as.dist(eurodist))
plot(NMDS$points)

http://www.davidzeleny.net/anadat-r/doku.php/en:pcoa_nmds这是我学到的地方。 我认为MDS适用于PCoA，而NMDS不适用，上述样本平均值metaMDS可以同时执行MDS和NMDS吗？

Answer 1

第一个问题是plot(NMDS$points)没有正确创建情节;你必须用等轴缩放或宽高比为1绘制图。如果用手正确绘制图，则没有区别：

layout(matrix(1:2, ncol = 2))
plot(metaMDS(eurodist)$points, asp = 1, main = "aps = 1")
plot(metaMDS(eurodist), main = "plot.metaMDS")
layout(1)

为什么我们为scores和plot之类的内容提供S3方法是有充分理由的，因此您不需要记住详细信息。如果你去滑雪道，你需要冒汗的细节。

现在应该回答你的主要问题; 否 metaMDS() 不执行*主坐标分析。如果您需要主坐标分析，请参阅?capscale。