ggplot NMDs polygon和envfit

Question

我不能在我的NMD图上制作两个多边形和envfit。我可以单独做。

1 /多边形：

ggplot(pts, aes(x=MDS1,y=MDS2,colur=as.factor(V3),fill=as.factor(V3))) +
geom_polygon(data=hulls,alpha=0.5) +
geom_point(size=0) +
geom_text(aes(label=sp$Site, color=factor(sp$Site)),size=4)

（见下图1）

2 / envfit：

ggplot(pts, aes(x=MDS1,y=MDS2)) + 
geom_point(size=0) + 
geom_text(aes(label=sp$Site, color=factor(sp$Site)),size=4) +
geom_segment(data=envector.df,                           
             aes(x=0,xend=NMDS1*3,y=0,yend=NMDS2*3),
             arrow = arrow(length = unit(0.2,"cm")), 
             colour="black", inherit_aes=FALSE) + 
geom_text(data=envector.df, 
          aes(x=NMDS1*3,y=NMDS2*3,label=species), 
          size=5)+
coord_fixed()

（见下图2）

但是，当我合并两个代码时，我收到如下错误消息。

df <- pts
find_hull <- function(df) df[chull(df$MDS1,df$MDS2),]
library(plyr)
hulls <- ddply(df,"V3", find_hull)
ggplot(pts, aes(x=MDS1, y=MDS2, color=as.factor(V3), 
                fill=as.factor(V3))) +
geom_polygon(data=hulls,alpha=0.5) +
geom_point(size=0) +
geom_text(aes(label=sp$Site, color=factor(sp$Site)),size=4) +
geom_segment(data=envector.df,aes(x=0,xend=NMDS1*3,y=0,yend=NMDS2*3),
             arrow = arrow(length = unit(0.2, "cm")), colour="black",  
             inherit_aes=FALSE) + 
geom_text(data=envector.df, aes(x=NMDS1*3,y=NMDS2*3,label=species),  
          size=5) +
coord_fixed()

is.factor（x）中的错误：object＆＃39; V3＆＃39;找不到

V3是我的数据中的网站pts或df

names(df)
[1] "MDS1" "MDS2" "V3"  

names(pts)
[1] "MDS1" "MDS2" "V3"

感谢有人能给我一些帮助！谢谢！ []