R输出的NMDS排序解释

Question

我进行了NMDS分析并绘制了输出。但是，我不确定如何实际报告来自R的结果。以下输出中哪些部分最重要？生成的图表还显示了两个明确的组，您应该如何描述这些结果？

MDS.out

Call:
metaMDS(comm = dgge2, distance = "bray") 

global Multidimensional Scaling using monoMDS

Data:     dgge2 
Distance: bray 

Dimensions: 2 
Stress:     0 
Stress type 1, weak ties
No convergent solutions - best solution after 20 tries
Scaling: centring, PC rotation, halfchange scaling 
Species: expanded scores based on ‘dgge2’ 

Answer 1

最重要的信息是，压力= 0，这意味着拟合完整和仍然没有收敛。如果您对两个维度有六个或更少的观察结果，或者您有退化数据，则会发生这种情况。在这些情况下，您不应使用NMDS。当前版本的素食主义者将发出几乎没有压力的警告。也许你有一个过时的版本。

Answer 2

我认为最好的解释只是主要成分的图。您可以使用plot包提供的text和vegan。在这里，我创建了一个ggplot2版本（以优雅地获得图例）：

library(vegan)
library(ggplot2)
data(dune)
ord = metaMDS(comm = dune)
ord_spec <- scores(ord, "spec")
ord_spec <- cbind.data.frame(ord_spec,label=rownames(ord_spec))
ord_sites <- scores(ord, "sites")
ord_sites <- cbind.data.frame(ord_sites,label=rownames(ord_sites))
ggplot(data=ord_spec,aes(x=NMDS1,y=NMDS2)) +
  geom_text(aes(label=label,col='species')) +
  geom_text(data=ord_sites,aes(label=label,col='sites'))