Question

我正在编写一个脚本来使用STAR对齐器将fastq文件映射到参考基因组。这是我的代码：

#!/bin/bash
#$ -N DT_STAR
#$ -l mem_free=200G
#$ -pe openmp 8
#$ -q bio,abio,pub8i

module load STAR/2.5.2a


cd /dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017

mkdir David_data1


STAR  --genomeDir /dfs1/bio/dtatarak/indexes/STAR_Index --readFilesIn /dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017/DT_1_read1.fastq 
/dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017/DT_1_read2.fastq --runThreadN 8 --outFileNamePrefix "David_data1/DT_1"`

我一直收到此错误消息

因致命输入而退出错误：无法打开readFilesIn = / dfs1 / bio / dtatarak / DT-advancement_RNAseq_stuff / RNAseq_10_4_2017 / DT_1_read1.fastq

有没有人有使用STAR的经验？我无法弄清楚为什么它无法打开我的阅读文件。

Answer 1

STAR和--genomeDir之间的第二个空格字符是语法错误。应该只有一个。

另一件事是论证--outFileNamePrefix "David_data1/DT_1"

你确定它需要一条引号的路径吗？如果您尚未手动创建目录DT_1，则必须先在David_data1内创建目录/。此外，路径前面总是必须有--outFileNamePrefix /David_data1/DT_1/。

STAR_Index

此外，您的genomDir文件夹中是否有任何子目录？因为我总是要像这样设置--genomeDir path/to/STAR_index/STARindex/hg38/参数：

#!/bin/bash
#$ -N DT_STAR
#$ -l mem_free=200G
#$ -pe openmp 8
#$ -q bio,abio,pub8i

module load STAR/2.5.2a


cd /dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017

mkdir David_data1
cd David_data1
mkdir DT_1
cd ..


STAR --genomeDir /dfs1/bio/dtatarak/indexes/STAR_Index --readFilesIn /dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017/DT_1_read1.fastq 
/dfs1/bio/dtatarak/DT-advancement_RNAseq_stuff/RNAseq_10_4_2017/DT_1_read2.fastq --runThreadN 8 --outFileNamePrefix /David_data1/DT_1/

在语法错误之后，已知该消息出现，所以我希望它有用，如果您尝试这样的话：

// Prints 8; in 1101, the highest bit is the one denoting 8
int f = 13;
System.out.println("Highest: " + Integer.highestOneBit(f));

读取fastq文件时的RNA-seq STAR对齐错误

1 个答案: