PCA使用prcomp进行R中的RNA seq

Question

我想知道是否需要在R中的样本上转置数据以进行PCA。我正在使用内置函数prcomp（）。我的数据集是RNA seq表达数据，列是样本，行是基因表达。它似乎无论哪种方式都有效，但对于行/列中应该有什么共识？谢谢！

Answer 1

大多数生物统计学R包通过转置数据框来实现这一点。我会给你一个证明：

RUV SVD因子分解方法在RNA-Seq中很常见。看看它的源代码：

  

https://github.com/drisso/RUVSeq/blob/master/R/RUVg-methods.R

if(isLog) {
    Y <- t(x)
} else {
    Y <- t(log(x+epsilon))
}

x是基因矩阵表。你看到转置操作吗？稍后在代码中，包将转置矩阵（Y）赋予svd函数。

svdWa <- svd(...)

为了让生活和其他人更轻松，您可能希望将基因放入您的行和样本中。