RNA-Seq差异表达 - DESeq

Question

我有RNA-Seq读取计数文件提取的CLC-bio看起来像。我想比较3种处理与总共34000个基因（行）表达值。

我是R的新手，并且像无头鸡一样有线索。然而，我正在学习。

有人可以帮助我使用DESeq2对这3种治疗进行差异表达分析吗？

提前致谢。

GeneID  Control T1  T2  T3
Gene 1  84.438  99.49   51.312  44.866
Gene 2  233.355 99.49   60.642  47.072
Gene 3  59.874  99.49   91.429  51.485
Gene 4  46.824  99.49   94.228  54.427
Gene 5  56.803  99.49   61.575  58.84

Answer 1

如果您刚开始使用RNA-seq分析，您可以查看我最近放入包中的工作流程。

它还包括DESeq2，以及许多其他有用的（我认为）工具。

# install package from github
devtools::install_github("ShirinG/exprAnalysis", build_vignettes=TRUE)

browseVignettes("exprAnalysis")