Limma RNA-Seq分析：使用voom

Question

我需要用limma进行 RNA-Seq 分析，并且我已经在两种条件下（没有重复），即61810 * 2矩阵，已经对61810个转录物进行了标准化计数数据。我的“ design ”模型矩阵是：

(Intercept) sampletypestest
1           1               0
2           1               1

attr(,"assign")

[1] 0 1

attr(,"contrasts")

attr(,"contrasts")$sampletypes

[1] "contr.treatment

当我对数据voom使用diff.exp <- voom(data,design)时，会出现以下错误：

  Error in approxfun(l, rule = 2) : 
  need at least two non-NA values to interpolate

有谁能告诉我这里的问题是什么？

Answer 1

voom（更常见的是limma）需要重复。 voom的整个目的是估计均值 - 方差关系。如果您在任何组中都有任何重复，它将起作用。但是你没有任何重复，所以你无法估计任何差异，所以错误是不可避免的。