大量RNA-Seq

时间:2018-07-27 13:20:05

标签: python-3.x normalization

我想使用python对TCGA的大约10000个RNA-Seq样本(基本上是FPKM)进行归一化(首先进行Quantile归一化,然后Z分数标准化),以用于神经网络。但是,由于内存问题,我很难用笔记本电脑对所有数据进行规范化处理。

是否有同时对这些RNA-Seq进行标准化的方法?目前,我正计划将1000个样本拆分为一个excel文件,然后分别在python中进行标准化。但是,然后,我将拥有10个不同的文件,我不确定以后是否可以对它们进行比较。

如果您能提供一些意见/网络资源来标准化这些RNA-Seq样本的数量,我将非常高兴。

谢谢

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