RNA SEQ数据的热图

Question

这是我第一次使用RNA SEQ数据，而且我对热图有一些问题

我的数据如下 Data

我想创建一个热图来显示组织特异性表达并尝试以下

 rownames(data)<-data$IDS
 data<-data[,-1]
 hmcol = colorRampPalette(brewer.pal(9, "GnBu"))(100)
 heatmap.2(as.matrix(data), col = hmcol, trace="none")

数据中的值与热图中的颜色键不匹配。有人可以纠正错误的位置吗？

Answer 1

您似乎只有很多的小值和极少的值。因此，颜色键是正确的（参见颜色键中的直方图），但低（灰色）值只是图像的主导。您可以尝试以对数刻度绘制值。

也许尝试类似的事情：

heatmap.2(log2(as.matrix(data) + 1), col = hmcol, trace="none")