如何从RNA序列数据中提取信息？

Question

大家好，我是系统生物学和生物信息学领域的新手。我获得了针对miRNA和mRNA测序数据的TEXT文件，包括文库大小和一组患者和健康对照的每个样品的读数计数。我已经使用edgeR对两个文件进行了差异表达分析，现在想知道还有哪些其他软件/软件包/等。我可以用来从这些数据中获取更多信息。任何建议都将受到高度赞赏。