Question

我使用findOverlaps（bed.1，bed.2）来获取重叠区域，现在我想将结果导出到新的床文件中，例如“xx.bed”。我怎么能在R？

overlapped GRanges object with 6 ranges and 3 metadata columns: (example)

      seqnames           ranges strand |         name     score    pvalue
         <Rle>        <IRanges>  <Rle> |  <character> <numeric> <numeric>
  [1]     chr1 [ 32726,  32784]      * |  MACS_peak_7      2.06 0.3138672
  [2]     chr1 [ 52473,  52531]      * | MACS_peak_11      2.06 0.3138672
  [3]     chr1 [136387, 136469]      * | MACS_peak_32      3.40 0.5314789
  [4]     chr1 [235352, 235410]      * | MACS_peak_41      2.06 0.3138672
  [5]     chr1 [540756, 540833]      * | MACS_peak_71      6.42 0.8075350
  [6]     chr1 [636637, 636718]      * | MACS_peak_90      4.86 0.6866363

现在我想将这些导出到新的床文件中。哪个R功能可以做到这一点？有没有简单的R代码可以做到这一点？感谢

Answer 1

让我们在上面的例子中生成适当的可重现的例子：

foo <- GRanges(
  seqnames=Rle(c("chr1", "chr2", "chr3", "chr4"), c(5, 6, 4, 3)),
  ranges=IRanges(seq(1, by=9, len=18), seq(6, by=9, len=18)),
  rangeName=letters[seq(1:18)], score=sample(1:25, 18, replace = FALSE))

然后，foo是将作为床格式文件导出的对象：

write.table(foo, "res.bed", append = TRUE, sep = "")

或者使用来自rtracklayer软件包的export.bed，两者都会产生相同的结果：

rtracklayer::export.bed(foo, "~/res.bed")

如何将重叠的GRanges对象导出为R中的新床文件？

1 个答案: