将BED文件转换为WIG文件

Question

你知道如何轻松地（通过R或其他程序）将BED文件转换为WIG吗？

你能给我一些指导吗？

Answer 1

查看rtracklayer包，特别是以下手册页：

 ?import
 ?export

Answer 2

以下是我如何将.bed转换为.wig的具体示例。正如@Paolo暗示的那样，这是一个直截了当的程序：

library(rtracklayer) #bioconductor

bed_loaded <- import(con="~/Downloads/my_bed.bed.gz", format="bed") #no need to unzip .gz
# bed_loaded <- import.bed(con="~/Downloads/my_bed.bed") #if you unzip 

export.wig(object=bed_loaded, con="~/Downloads/bed2wig.wig")

请注意，您import和export都有方法（假发，床，bigwig或bw等）。您可以直接使用它们而无需指定方法，但可以指定format参数。

此GitHub tutorial会有所帮助。