过滤床文件中的重叠条目

Question

我的床文件看起来像这样：

1   183113  183114  chr1:183113-183240  0   +
1   187286  187287  chr1:187128-187287  0   -
1   187576  187587  chr1:187375-187577  0   -
1   187580  187590  chr1:187379-187577  0   -

我的目标是仅提取条目与其他条目不重叠的行。有一段时间我一直在根据doc尝试 bedtools merge 。我想使用特定的标志来计算构成每个＆＃34;合并的条目＆＃34;片段，然后只保留那些有价值的＆＃34; 1＆＃34;但问题出在这里：我不知道如何保留关于链的信息，得分（这应该总是0）和名称（这可能是从前3列重建的）。 有谁知道如何将这些东西放在一起？

输出应该看起来与输入（上方）完全相同，但只有这些行与其他任何内容都不重叠。

1   183113  183114  chr1:183113-183240  0   +
1   187286  187287  chr1:187128-187287  0   -

Answer 1

好的，我解决了这个问题：

1）计算原始输入中的重叠

bedtools merge -i IN.bed -c 1 -o count > counted

2）仅筛选出与任何内容不重叠的行

awk '/\t1$/{print}' counted > filtered

3）将其与原始输入相交，并仅保留过滤后找到的原始行

bedtools intersect -a IN.bed -b filtered -wa > OUT.bed