过滤床文件中的重叠条目(2)

时间:2017-06-02 14:36:05

标签: bash shell bioinformatics genome

这是我之前question的后续行动。 这次,如果床文件中的两个条目重叠,我想将其中一个保留在输出中(随机选择)。优选地,我寻找对先前答案(bedtools包)的修改。输入:

1   183113  183114  chr1:183113-183240  0   +
1   187286  187287  chr1:187128-187287  0   -
1   187576  187587  chr1:187375-187577  0   -
1   187580  187590  chr1:187379-187577  0   -

我希望输出如下:

1   183113  183114  chr1:183113-183240  0   +
1   187286  187287  chr1:187128-187287  0   -
1   187576  187587  chr1:187375-187577  0   -

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