Question

我正在尝试制作一个Granges对象，其中包含我从MGI下载的基因列表。

这是带有链信息的列 > mm9genes$X.3 给我 Levels: - +

但是，当我使用此代码时..

`GRanges(seqnames = Rle("chr12", 322),
               ranges = IRanges(start = mm9genes$X, end = mm9genes$X.1),
               strand = Rle(mm9genes$X.3),
               symbol = mm9genes$X.2)`

我收到错误 Error in .local(x, ...) : invalid strand levels in 'x': - , + 我对此很陌生，并试图从中吸取教训。将不胜感激任何帮助。

Answer 1

我弄清楚问题是什么。

与 library(GenomicRanges) strand(mm9genes$X.3) Error in .local(x, ...) : invalid strand levels in 'x': - , +

快速检查

str(mm9genes$X.3) Factor w/ 3 levels "-","- ","+ ": 1 3 3 2 2 2 3 2 2 2 ...

所以我在- $ +之后修剪了空格 library(stringr) mm9genes$X.3 <- str_trim(mm9genes$X.3)

关注advices and here。现在，以下工作。

GRanges(seqnames = Rle("chr12", 322), ranges = IRanges(start = mm9genes$X, end = mm9genes$X.1), strand = mm9genes$X.3, symbol = mm9genes$X.2)

错误：GRanges中的Strand级别无效

1 个答案: