根据GRnges对象的seqnames对其进行排序

Question

我正在尝试根据其seqnames对Granges对象进行排序。

我有一个GRanges对象，genome.ref，它具有随机顺序的间隔。

seqnames(genome.ref)
factor-Rle of length 3141 with 5 runs
Lengths:   724   844    86   722   765
Values : CHR02 CHR04 CHR01 CHR03 CHR05
Levels(5): CHR02 CHR04 CHR01 CHR03 CHR05

如果我使用sort，R将根据值排序，但不按字母数字顺序排序：

sort(genome.ref)

生成的Granges对象将首先包含所有CHR02区间，然后CHR04，然后CHR01等组合在一起而不是随机，但顺序将不是基于seqlevels的字母数字（即CHR01区间不会首先出现）。 / p>

如何使用sort命令将订单指定为字母数字？

Answer 1

在创建genome.ref以使用GenomicRanges包中的sortSeqlevels函数时，这可能是最简单的。这巧妙地删除了任何＆＃39; chr＆＃39;前缀，还处理罗马数字和X / Y染色体。

否则，您最好使用seqinfo(genome.ref, new2old=mapping) <- Seqinfo(reordered)创建新的注释，您需要创建（小心！）reordered和mapping变量以反映新的顺序（可能再次使用sortSeqlevels）和新旧之间的对应关系。如您所见，在您对GRanges构造函数的初始调用中，首先使用正确的顺序更容易。