Question

我想创建一个空白的GRanges（来自包GenomicRanges）对象dynamicicall。

如果我们有两个备选选项，opt1和opt2，我们可以静态写为：

library(GenomicRanges)
GRanges(seqnames=NULL,ranges=NULL,strand=NULL, opt1=NULL, opt2=NULL)

问题是“我们如何动态创建GRanges对象？”。或者更具体地说，“以下功能XX是否可能？” ：

opts=c('opt1','opt2','opt3')
#' dynamic create blank GRanges with optional fields
#' @param opts, a vector containing the colnames of "mcols" of GRanges object
#' @return  blank GRanges object
functionXX<-function(opts){
   //todo:
}

谢谢！

Answer 1

只有列名称不够，每个字段都应该有定义的数据类型。

以下是解决方案：

opts=c('opt1','opt2','opt3')   
tp=list(character(),character(),character())   
functionXXX<-function(opts,tp){
    names(tp)=opts
    df=do.call(data.frame,tp)
    gr=GRanges(c(seqnames=NULL,ranges=NULL,strand=NULL)) 
    mcols(gr)=df
    gr
  }
functionXXX(opts,tp)
#GRanges object with 0 ranges and 3 metadata columns:
# seqnames    ranges strand |        opt1        opt2        opt3
#  <Rle> <IRanges>  <Rle> | <character> <character> <character>
#-------
#seqinfo: no sequences

如何动态创建空白GRanges？

1 个答案: