Question

我刚刚下载了R和RStudios，用于Ubuntu 14.04。我有版本R 3.0.2。我正在尝试使用RStudio安装Bioconductor软件包topGO。我使用了代码源（：http://bioconductor.org/biocLite.R＆＃34;）并获得了消息：＆＃34; Bioconductor版本2.13 ....安装较新版本的R＆＃34后，可以使用更新版本的Bioconductor; < / p>

所以我从计算机中删除了R并重新安装了它。我想我有最新版本的R版3.0.2。我还在这个新的下载R上运行了biocLite（＆＃34; BiocUpgrade＆＃34;），并收到错误消息：

BioC_mirror: http://bioconductor.org
Using Bioconductor version 2.13 (BiocInstaller 1.12.1), R
  version 3.0.2.
Warning messages:
1: Bioconductor version 2.13 is the latest available for R
  version 3.0.0 
2: installed directory not writable, cannot update packages
  'boot', 'class', 'cluster', 'codetools', 'foreign',
  'KernSmooth', 'lattice', 'Matrix', 'mgcv', 'nlme', 'nnet',
  'rpart', 'spatial', 'survival'

我不知道这意味着什么所以我只是尝试使用biocLite下载topGO（＆＃34; topGO＆＃34;）。它开始下载但随后停止并提供错误消息：

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'GO.db', details:
  call: match.arg(synchronous, c("off", "normal", "full"))
  error: 'arg' must be NULL or a character vector
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/home/sprout/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/GO.db’
ERROR: dependency ‘GO.db’ is not available for package ‘topGO’
* removing ‘/home/sprout/R/i686-pc-linux-gnu-library/3.0/topGO’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpqFXYZT/downloaded_packages’
Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘GO.db’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = pkgs, lib = lib, repos = repos, ...) :
  installation of package ‘topGO’ had non-zero exit status
3: installed directory not writable, cannot update packages 'boot', 'class', 'cluster', 'codetools', 'foreign', 'KernSmooth',
  'lattice', 'Matrix', 'mgcv', 'nlme', 'nnet', 'rpart', 'spatial', 'survival'

有什么想法？谢谢你的帮助！

Answer 1

您的计算机上没有最新版本的R.几个包需要更新版本。我建议您按照https://cran.r-project.org/上的说明安装最新版本的R（目前是v3.2.1），然后重试。

Answer 2

问题：安装目录不可写，无法更新软件包'boot'，'class'，'cluster'，'codetools'，'foreign'，'KernSmooth'， '格子'，'矩阵'，'mgcv'，'nlme'，'nnet'，'rpart'，'空间'，'生存'

解决方案：在TERMINAL

中以root用户身份运行R.

1，sudo R. 2，biocLite（ “BiocUpgrade”） 3，更新选项:(输入）a

R Bioconductor：topGO不安装

2 个答案: