安装R Bioconductor软件包时，'lib =“/ usr / lib / R / library”'不可写“

Question

大家好！ 我正在尝试安装Bioconductor软件包“cummeRbund”并且经常失败。我试过了 启用了BiocInstaller的biocLite("cummeRbund")命令，install.packages("cummeRbund")及其指定库地址的变体。结果总是

"Warning in install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl,  :
  'lib = "/usr/lib/R/library"' is not writable"

和r一直让我使用个人目录。我应该怎么做才能摆脱这个讨厌的问题（“cummeRbund”不是唯一一个无法安装的软件包？）

我的规格：Ubuntu 14.04 LTS 64位，R版本3.2.2（2015-08-14） - “Fire Safety”，Bioconductor 3.2版（BiocInstaller 1.20.0）

Answer 1

R的默认库路径对于当前用户来说是不可写的并不罕见。这通常意味着R由不同的用户安装。这本身不是问题。只需将R配置为使用不同的库路径。

要执行此操作，请将以下行放入用户的R配置（~/.Rprofile文件中 - 有关配置应驻留的位置的详细信息，请阅读R startup guide）：

.libPaths('path/to/your/r-libraries')

例如，您可以使用路径'~/.R/libs'。然后重新启动R会话。现在，您可以在本地目录中安装和使用库。

另一种解决方案（我个人更喜欢，但许多系统默认处理不同）是分别为每个用户安装软件。这在非共享系统上尤其有意义。大多数软件包管理器都支持为本地用户安装软件，没有超级用户权限。特别是，Homebrew默认执行此操作，强烈建议不要使用sudo来安装软件。

Answer 2

我在另一个操作系统上安装了R版本3.3.0：没有“cummeRbund”安装问题。

$ svn co https://svn.r-project.org/R/trunk/获得了“3.3.0”（svn ver.69583）。

r cummerbund

Answer 3

»»R一直让我使用个人目录。我该怎么做才能摆脱这个讨厌的问题««

简单：如果要安装R软件包，请打开终端窗口并使用命令$ sudo R（而不是$ R）。

R，版本3.2.2：

> source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite()

> biocLite(c("cummeRbund"))

参考。 https://www.bioconductor.org/install/

获取包裹没有任何问题。 （不确定是否可以安装：依赖性问题。）

（我使用的是Ubuntu 15.10 - 64.更简单：默认的R是版本3.2.2）。

r cummerbund