Question

我在安装软件包时遇到了这个问题

来自Bioclite的“TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene”，载于RStudio v.1.1442。以下是错误消息：警告信息： /TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene_3.2.2.tar.gz'的状态为3 2：在install.packages中（pkgs = doing，lib = lib，...）：安装包'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene'具有非零退出状态

我也试过安装这个软件包，但它也没有用： install.packages中的警告：包'并行'不可用（对于R版本3.4.3） install.packages中的警告：包'parallel'是一个基础包，不应该更新

我不明白这些警告是什么意思，有人可以帮我解决这个问题吗？

谢谢。

Answer 1

一些进一步的细节将非常有用 - 尤其是您实际使用的代码。你在做什么操作系统？这是R的全新安装吗？你以前安装过TxDB .... 你在conda环境或类似环境中工作吗？你为什么要下载gzip压缩包的版本？

在Ubuntu的全新R-3.4.3环境中，我得到以下内容

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")

## installing source BiocInstaller blah blah success

biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene")

Warning messages:
1: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘RMySQL’ had non-zero exit status
2: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘GenomicFeatures’ had non-zero exit status
3: In install.packages(pkgs = doing, lib = lib, ...) :
  installation of package ‘TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene’ had non-zero exit status

这表明如果我想安装TxDB ......我必须首先安装RMySQL，然后安装GenomicFeatures然后......

您是否可以发布您使用的所有代码以及您收到的警告消息的所有内容。

安装包

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