我试图从用户给出的一组基因中导出一个丰富的GO术语列表。我理解和实施的方式是：
我的输入是一个由大约500个基因组成的csv文件。
>library(topGO)
>library(hgu133plus2.db)
>all.genes <- ls(hgu133plus2ACCNUM) # I guess, this creates my gene universe
>data <- read.csv(file.choose(),header=FALSE) #Here I give an input csv file containing genes
>relevant.genes <- factor(as.integer(all.genes %in% data)
>names(relevant.genes) <- all.genes
>GOdata.BP <- new("topGOdata", ontology='BP', allGenes = relevant.genes, annotationFun =annFUN.db, affyLib = 'hgu133plus2.db')
之后我收到以下错误：
Error in .local(.Object, ...) : allGenes must be a factor with 2 levels
> str(relevant.genes)
Factor w/ 1 level "0": 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
- attr(*, "names")= chr [1:54675] "1007_s_at" "1053_at" "117_at" "121_at" ...
请你指点我哪里出错了？我是否正确使用TopGO，即使我没有表达值。